Significant differe nces in demographic, clinical, and pathological features in relation to smoking and alcohol consumption among 1,633 head and neck cancer patients

OBJECTIVE: As a lifestyle-related disease, social and cultural disparities may influence the features of squamous cell carcinoma of the head and neck in different geographic regions. We describe demographic, clinical, and pathological aspects of squamous cell carcinoma of the head and neck according to the smoking and alcohol consumption habits of patients in a Brazilian cohort. METHODS: We prospectively analyzed the smoking and alcohol consumption habits of 1,633 patients enrolled in five São Paulo hospitals that participated in the Brazilian Head and Neck Genome Project - Gencapo. RESULTS: The patients who smoked and drank were younger, and those who smoked were leaner than the other patients, regardless of alcohol consumption. The non-smokers/non-drinkers were typically elderly white females who had more differentiated oral cavity cancers and fewer first-degree relatives who smoked. The patients who drank presented significantly more frequent nodal metastasis, and those who smoked presented less-differentiated tumors. CONCLUSIONS: The patients with squamous cell carcinoma of the head and neck demonstrated demographic, clinical, and pathological features that were markedly different according to their smoking and drinking habits. A subset of elderly females who had oral cavity cancer and had never smoked or consumed alcohol was notable. Alcohol consumption seemed to be related to nodal metastasis, whereas smoking correlated with the degree of differentiation. .

Proteômica: metodologias e aplicações no estudo de doenças humanas / Proteomics: methodologies and applications to the study of human diseases

A abordagem proteômica tem permitido estudos em larga escala da expressão proteica em diferentes tecidos e fluidos corporais, em condições e/ou momentos distintos. O recente progresso de metodologias nessa área tem aberto novas oportunidades para obtenção de informações relevantes sobre processos normais e anormais que ocorrem no organismo humano. No presente artigo, é feita uma revisão das principais técnicas proteômicas e de suas aplicações no estudo de doenças humanas.

Proteomic approach has allowed large-scale studies of protein expression in different tissues and body fluids in discrete conditions and/or time points. Recent advances of methodologies in this field have opened new opportunities to obtain relevant information on normal and abnormal processes occurring in the human body. In the current report, the main proteomics techniques and their application to human disease study are reviewed.

Peripheral position of CCND1 and HER-2/neu oncogenes within chromosome territories in esophageal and gastric cancers non-related to amplification and overexpression

Interphase chromosomes have been shown to occupy discrete regions of the nucleus denominated chromosome territories (CTs), their active genes being preferentially positioned on the surfaces of these CTs, where they are accessible to transcriptional machinery. By means of FISH (Fluorescence in situ Hybridization), we analyzed the CCND1 and HER-2/neu gene positions within the CTs and their relationship with gene amplification and protein over-expression in esophageal and gastric cancers. The CCND1 and HER-2/Neu genes were more often positioned at the periphery (mean frequency of 60 percent-83 percent) of the CTs in tumor tissues of the esophagus and stomach. Moreover, this positioning revealed no association with either gene amplification or the protein over-expression status of these genes, although, in esophageal carcinoma, Kappa statistics showed a moderate agreement between amplification of the CCND1 gene (Kappa = 0.400) and its location within the CT, as well as with over-expression of the corresponding protein (Kappa = 0.444). Thus, our results suggest that gene positioning in interphase chromosomes does not follow a definitive pattern neither does it depend only on gene transcriptional activity. Apparently, this positioning could be both gene- and tissue-specific, and depends on other factors acting together, such as dense-gene, chromosome size, chromatin structure, and the level and stability of its expression.

Fluorescence in situ hybridization (FISH) screening for the 22 q11. 2 deletion in patients with clinical features of velocardiofacial syndrome but without cardiac anomalies

The velocardiofacial syndrome (VCFS), a condition associated with 22q11.2 deletions, is characterized by a typical facies, palatal anomalies, learning disabilities, behavioral disturbances and cardiac defects. We investigated the frequency of these chromosomal deletions in 16 individuals with VCFS features who presented no cardiac anomalies, one of the main characteristics of VCFS. Fluorescent in situ hybridization (FISH) with the N25 (D22S75; 22q11.2) probe revealed deletions in ten individuals (62 percent). Therefore, even in the absence of cardiac anomalies testing for the 22q11.2 microdeletions in individuals showing other clinical features of this syndrome is recommended.

Gene amplification in carcinogenesis

Gene amplification increases the number of genes in a genome and can give rise to karyotype abnormalities called double minutes (DM) and homogeneously staining regions (HSR), both of which have been widely observed in human tumors but are also known to play a major role during embryonic development due to the fact that they are responsible for the programmed increase of gene expression. The etiology of gene amplification during carcinogenesis is not yet completely understood but can be considered a result of genetic instability. Gene amplification leads to an increase in protein expression and provides a selective advantage during cell growth. Oncogenes such as CCND1, c-MET, c-MYC, ERBB2, EGFR and MDM2 are amplified in human tumors and can be associated with increased expression of their respective proteins or not. In general, gene amplification is associated with more aggressive tumors, metastases, resistance to chemotherapy and a decrease in the period during which the patient stays free of the disease. This review discusses the major role of gene amplification in the progression of carcinomas, formation of genetic markers and as possible therapeutic targets for the development of drugs for the treatment of some types of tumors.

Identification and frequency of transposable elements in Eucalyptus

Transposable elements (TE) are major components of eukaryotic genomes and involved in cell regulation and organism evolution. We have analyzed 123,889 expressed sequence tags of the Eucalyptus Genome Project database and found 124 sequences representing 76 TE in 9 groups, of which copia, MuDR and FAR1 groups were the most abundant. The low amount of sequences of TE may reflect the high efficiency of repression of these elements, a process that is called TE silencing. Frequency of groups of TE in Eucalyptus libraries which were prepared with different tissues or physiologic conditions from seedlings or adult plants indicated that developing plants experience the expression of a much wider spectrum of TE groups than that seen in adult plants. These are preliminary results that identify the most relevant TE groups involved with Eucalyptus development, which is important for industrial wood production

Mutational analysis of the GAP-related domain of the neurofibromatosis type 1 gene in Brazilian NF1 patients

Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a common autosomal dominant disorder caused by mutations in the NF1 gene. In the present study, a total of 55 unrelated NF1 patients were screened for mutations in the GAP-related domain/GRD (exons 20-27a) by single-strand conformation polymorphism (SSCP). Four different mutations were identified and, taken together, they comprise one nonsense substitution (Q1189X), one deletion (3525-3526delAA), one missense substitution (E1356G) and one mutation in the splice acceptor site (c.4111-1G>A). One novel polymorphism (c.4514+11C>G) and other three putative polymorphisms were also found (c.3315-27G>A, V1146I and V1317A). Genotype-phenotype correlations were investigated, but no particular association was detected.

Identification and complete sequencing of novel human transcripts through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences

The correct identification of all human genes, and their derived transcripts, has not yet been achieved, and it remains one of the major aims of the worldwide genomics community. Computational programs suggest the existence of 30,000 to 40,000 human genes. However, definitive gene identification can only be achieved by experimental approaches. We used two distinct methodologies, one based on the alignment of mouse orthologous sequences to the human genome, and another based on the construction of a high-quality human testis cDNA library, in an attempt to identify new human transcripts within the human genome sequence. We generated 47 complete human transcript sequences, comprising 27 unannotated and 20 annotated sequences. Eight of these transcripts are variants of previously known genes. These transcripts were characterized according to size, number of exons, and chromosomal localization, and a search for protein domains was undertaken based on their putative open reading frames. In silico expression analysis suggests that some of these transcripts are expressed at low levels and in a restricted set of tissues.

Fatores genéticos e ambientais envolvidos na carciogênese gástrica / Genetics and environmental factors in gastric carcinogenesis

RACIONAL: O câncer de estômago é o segundo tipo mais comum de neoplasia no mundo. A carcinogênese de estômago é processo de múltiplos passos, podendo manifestar-se em várias etapas como gastrite superficial, gastrite atrófica crônica, metaplasia intestinal, displasia e, finalmente, como um carcinoma. Essas condiçöes costumam ser seqüenciais e ocorrer num período de muitos anos como resultado da exposiçäo a uma variedade de fatores endógenos e exógenos, que causam alteraçöes genéticas. Os recentes avanços da genética molecular têm mostrado que o acúmulo dessas várias anormalidades, incluindo a ativaçäo de oncogenes e a inativaçäo de genes supressores de tumores, resultam no desenvolvimento do câncer. Alteraçöes genéticas descritas em carcinomas gástricos incluem amplificaçöes e mutaçöes dos genes c-ERBB2, K-RAS, c-MET e TP53. O ganho de cromossomos também foi encontrado em várias combinaçöes com perda de outros cromossomos e pode estar associado com a expressäo elevada de oncogenes, que contribuem com a progressäo tumoral. CONCLUSÄO: Essas mudanças genéticas em carcinomas evidenciam o processo de múltiplas etapas da carcinogênese gástrica, por meio do acúmulo de uma série de alteraçöes

Acalasia e câncer esofágico / Achalasia

A acalasia pode surgir na doença de Chagas, na qual uma infecçäo parasítica pode danificar o plexo mioentérico do esôfago e resultar em megaesôfago. O aspecto mais sério dessa condiçäo é o risco de desenvolvimento do carcionoma de células escamosas. Nesse carcinoma já foram descritas diferentes alterações gênicas e cromossômicas. Por outro lado, nenhuma análise citogenética molecular foi empregada nos estudos de megaesôfago chagásico. Essa abordagem pode legar a um diagnóstico mais apropriado das neoplasias esofágicas e à compreensäo da tumorigênese associada a agentes infecciosos e inflamaçäo epitelial

Carcinogênese cutânea no sudeste do Brasil: análise do gene TP53 em tumores cutâneos não melanocíticos / Skin carcinogenesis in southeastern Brazil: analysis of TP53 gene in nonmelanoma skin tumors

Mutações no gene TP53 são comuns em muitos tipos de tumores humanos e são associados à imunorreatividade positiva para a proteína p53. Embora tal positividade seja utilizada como um marcador da mutação, evidências recentes sugerem que essa suposição nem sempre é verdadeira. O objetivo era investigar a relação entre a presença de mutação do gene TP53 e a imunocoloração da proteína p53 em tumores da pele. Foi analisada a expressão da proteína p53, com o anticorpo monoclonal Pab 1801, em 92 lesões cutâneas em indíviduos procedentes da Região Sudeste do Brasil, área com alto nível de exposição solar. Além disso, mutações no gene TP53 foram investigadas em 32 amostras imunopositivas para a proteína p53 empregando as técnicas de polimorfismo de conformação do filamento único (SSCP) e se seqüenciamento de DNA. a imunocoloração nuclear foi detectada em 5/30 (16,6 por cento) casos de ceratose solar, em 11/31 (35,5 por cento) carcinomas espinocelulares e em 16/31 (51,6 por cento) carcinomas basocelulares, todos provenientes de áreas do corpo expostas ao sol. Enmtre 32 amostras imunopositivas para a p53, apneas 3 carcinomas basocelulares revelaram alterações no gene, em códons que constituem hotspots para mutações em câncer. Os resultados mostraram baixa correlação entre imunorreatividade positiva e mutação, o que pode ser atribuído a alterações em outros segmentos do gene ou refletir a sensibilidade do sistema de detecção utilizado no estudo

Aspectos Genéticos do Autismo e outros Transtornos Invasivos do Desenvolvimento / Genetic Aspects of Autism and other Pervasive Developmental Disorders

Os Transtornos Invasivos do Desenvolvimento (PDDs) incluem doenças caracterizadas por prejuízo severo de áreas do desenvolvimento social, de comunicaçäo e comportamento. Säo doenças graves, frequentes na populaçäo geral, de etiologia complexa, heterogênea e pouco conhecida. Os PDDs incluem os Transtornos Desintegrativos do Desenvolvimento sem outra especificaçäo (Pervasive Developmental Disordes, Not Otherwise Specified - PDD - NOS), as Síndromes de Rett, de Asperger e o Autismo. Fatores ambientais e genéticos estäo envolvidos na etiologia dos PDDs, entre eles, agentes infecciosos, mutações gênicas e anomalias cromossômicas. Estudos de gêmeos têm demonstrado alta taxa de concordância e o rastreamento do genoma tem identificado genes relacionados com o desenvolvimento do Sistema Nervoso Central, especialmente aqueles presentes nos braços longos dos cromossomos 7 e 15. Abordagens citogenéticas e moleculares säo bastante promissoras no estudo de PDDs. Entretanto, seus resultados têm sugerido que muitos genes e fatores ambientais podem influenciar as suas manifestações fenotípicas, indicando que muitos esforços ainda säo necessários para o desenvolvimento de terapias específicas ou para a identificaçäo precisa de indivíduos em risco

Elementos Transponíveis e Doenças Humanas: da Instabilidade Genônica à Carcinogênese / Transposable Elements and Human Diseases: from Genomic Instability to Carcinogenesis

Os elementos transponíveis säo sequências de DNA que podem se mover no genoma e por isso säo a principal fonte de mutações espontâneas. Dez a 15 por cento do DNA humano säo compostos pelos transposons Alu e Line-1. O grande número desses elementos, no genoma, propicia ampla oportunidade para recombinaçäo homóloga desigual, ocasionando deleções ou duplicações gênicas e mesmo alterações mais complexas do material genético. Säo citados na literatura diversos casos de doenças causadas pela inserçäo de Alu e Line-1 em diversos genes, tanto na linhagem germinativa como somática. Também tem sido encontrada uma correlaçäo direta entre a hipometilaçäo de sequências regulatórias de Line-1 e a presença de produtos de transcriçäo, ou de proteína por ele produzida, em teratocarcinomas, tumores da linhagem germinativa e em alguns cânceres de cérebro e mama. Tal correlaçäo sugere que esses elementos estäo ativos e podem estar envolvidos na iniciaçäo e na manutençäo do estado maligno, principalmente porque a desmetilaçäo do DNA genômico parece ser um evento precoce na progressäo tumoral

Poluiçäo Ambiental por Hidrocarbonetos Aromáticos Policíclicos e seus Derivados com Influência na Saúde Humana / Contribution of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons and its Derivatives to Environmental Pollution and Cancer

Os polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) e seus derivados, os nitrohidrocarbonetos aromáticos policíclicos (nitro-PAHs), representam uma classe importante de poluentes ambientais associados com a combustäo imcompleta de matéria orgânica que atingem o homen via cutânea ou através da inalaçäo. Vários estudos têm mostrado que muitos nitro-PAHs e PAHs säo mutagênicos em bactérias e em células de mamíferos, induzindo mutações de ponto e aberrações cromossômicas e elevando a frequência de micronúcleos e de trocas de segmentos entre cromátides irmäs. Esses compostos säo carcinogênicos potenciais e existe forte correlaçäo entre exposiçäo a altas concentrações de PAHs e incidência de cancêr de pulmäo, esôfago, cabeça e pescoço, cólon e bexiga. Além da atmosfera nas grandes cidades e nas indústrias, as áreas rurais têm revelado a presença de tais compostos e um risco elevado de cancêr tem sido observado em indivíduos que trabalham em plantações de cana-de-açúcar. Pesquisas futuras sobre os mecanismos pelos quais os PAHs e seus derivados influenciam o risco de cancêr säo desejáveis, pois seus resultados podem ter um importante impacto sobre as estratégias de prevençäo dessa doença

Kras oncogene analysis of non-melanoma skin tumors in southeastern Brazil

As neoplasias cutaneas sao as mais frequentes na populacao de pele branca, e sua incidencia tem crescido, especialmente nos paises tropicais. Existem evidencias de que a luz ultravioleta e importante fator etiologico e causa, ao DNA, dados que podem ser responsaveis por mutacoes em oncogenes e genes supressores de tumor. O oncogene KRAS tem sido estudado em tumores cutaneos, e os resultados divergem quanto a frequencia com que ocorre mutado. Isso pode ser explicado pela epidemiologia molecular desses tumores em areas geograficas com diferentes niveis de exposicao solar. Esse trabalho propoe investigar as mutacoes nesse oncogene em tumores malignos e pre-malignos provenientes da Regiao Sudeste do Brasil, area com altos niveis de exposicao a luz solar. O DNA foi proveniente de oito ceratoses solares, 26 carcinomas basocelulares e 19 carcinomas espinocelulares, e os codons 12, 13 e 61 do oncogene KRAS foram analisados pela tecnica de PCR-SSCP. Contrariando estudos previos nenhuma mutacao foi detectada nos codons 12, 13, enquanto dois carcinomas basocelulares e um espinocelular apresentaram padroes alterados para o codon 61 do do oncogene KRAS. Esses dados sugerem que a ativacao do oncogene KRAS pode contribuir para a patogenia das lesoes cutaneas no sudeste brasileiro.

A simple procedure for rehybridization of nuclei analyzed previously by fish

We present a simple procedure for interphase fluorescence in situ rehybridization (FISH). This procedure was used to evaluate fresh prostate tumor from needle biopsy specimens. Digoxigenin-labeled DNA probes were hybridized onto nuclei which had been previously investigated by FISH using biotin-labeled DNA probes. This method makes it possible to reanalyze the same nuclei with different centromeric DNA probes and is useful in cases where a limited number of slides are available.

A rapid technique for analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded tissues by fluorescent in situ hybridization with alpha-satellite probes

Descrevemos aqui um procedimento rápido para obtençäo de núcleos interfásicos a partir de amostras arquivadas que podem ser utilizados para análise citogenética através da técnica de FISH. Este procedimento difere de outros previamente descritos porque permite a obtençäo de núcleos em número e qualidade satisfatórios sem a utilizaçäo de equipamentos ou lâminas especiais e soluçöes para descondensaçäo da cromatina. O método é de baixo custo e possibilita estudos retrospectivos de tecidos fixados em formol e emblocados em parafina.

Poliploidia em células cultivadas de lesões de próstata / Polyploidy in cultured cells of prostate lesions

O câncer prostático é uma das neoplasias mais frequentes em homens e, apesar da sua alta incidência na população, os dados citogenéticos são limitados quando comparados com outros tumores sólidos comuns. Esse fato provavelmente decorre das dificuldades referentes ao cultivo de suas células e, consequentente, da obtenção de boas preparações cromossômicas. O objetivo deste trabalho foi investigar com técnicas citogenéticas, após culturas de curta duração, quatro adenocarcinomas prostáticos, três hiperplasias nodulares da próstata e duas prostatites crônicas. Todas as amostras apresentaram células com número cromossômico próximo ao tetraplóide e, em alguns adenocarcinomas, foram observados cromossomos em anel, double minutes, figuras trirradiais e fragmentos acêntricos

Efeitos tardios dos praguicidas organoclorados no homem / Delayed effects of organochlorine pesticides in man

Procurou-se relacionar as informaçöes disponíveis sobre os organoclorados e os efeitos crônicos provocados pela exposiçäo. Os compostos organoclorados säo os praguicidas mais persistentes já fabricados. Embora sejam geralmente eficientes no controle das pragas, säo importantes poluentes ambientais e potenciais causas de problemas de saúde para o homem, tendo sido proibidos ou controlados na maioria dos países. Com poucas exceçöes, os efeitos tardios desses compostos sobre a saúde humana säo difíceis de detectar, em funçäo de dificuldades metodológicas e da extrapolaçäo dos resultados. A genotoxicidade está entre os mais sérios dos possíveis danos causados por esses compostos e merece atençäo especial, devido à natureza irreversível do processo. Outro ponto a ser considerado é o aumento da incidência de alteraçöes no desenvolvimento do trato reprodutivo e na fertilidade masculina observada nas últimas décadas provavelmente decorrente do aumento da exposiçäo intra-uterina a compostos estrogênicos e anti-androgênicos, como os organoclorados

Polimorfismo da apolipoproteina E na doenca de Alzheimer tipo tardio: resultados preliminares / Apolipoproteins E polymorphism in Alzheimer's disease: delayed type: preliminary results

A apolipoproteina E (apo E), com funcao no metabolismo de lipideos e transporte de colesterol, tem sido associada tambem a patogenese da doenca de Alzheimer (DA). Este estudo teve como objetivo identificar os genotipos para apo E e a frequencia de seus alelos em individuos com DA tipo tardio (grupo 1) ou sem sintomas de demencia neurodegenerativa (grupo 2). Foram estudados 32 individuos assim distribuidos: grupo 1 = 18 pacientes com idades de 66 a 82 anos (media = 71 anos); grupo 2 = 14 individuos de 65 a 78 anos (media = 69 anos). O DNA foi extraido de leucocitos com amplificacao do segmento de interesse do gene para apo E por PCR (polymerase chain reaction) e submetido a clivagem com enzima Hha I. As frequencias dos alelos nos grupos 1 e 2 foram: 3 - 0,75 e 0,79 (p=0,699), 4 - 0,25 e 0,07 (p=0,035), respectivamente...